Cerny ist mit 238 Bundesligaspielen 1. Liga-Rekordspieler der Löwen, noch vor Petar Radenković.
Infolge einer Verletzung bestritt er sein letztes Spiel am 29. Januar 2006, bei der 1:3-Niederlage im Auswärtsspiel gegen Hansa Rostock.
Am 21. Juni 2007 gab der 33-Jährige das Ende seiner Spielerkarriere bekannt.
Nach Beendigung seiner Profikarriere trainierte Cerny von Februar 2008 bis Juni 2009 die U15 des TSV 1860 München, bevor er als Jugendtrainer zum FC Bayern wechselte.
Seine letzte Autogrammkarte als 1860-Profi aus dem Sommer 2006 stellte Harry Zapfe zur Verfügung.